Министерство осуществляет свою деятельность во взаимодействии с органами исполнительной власти Карачаево-Черкесской Республики, территориальными органами федеральных органов исполнительной власти, органами местного самоуправления муниципальных образований Карачаево-Черкесской Республики, образовательными и научными учреждениями, общественными организациями и объединениями.

            Министерство образования и науки КЧР активно участвует в реализации стратегических направлений государственной политики в сфере образования, в том числе в реализации приоритетного национального проекта «Образование», Комплекса мер по модернизации общего образования, национальной образовательной инициативы «Наша новая школа», Федеральной целевой программы развития образования на 2011-2015 годы, мероприятий по улучшению демографической политики, созданию независимой системы оценки качества образования, реструктуризации сети сельских школ

           Основные цели развития образовательного комплекса определены в соответствии с социальными приоритетами политики государства и Правительства Карачаево-Черкесской Республики:

- удовлетворение потребности населения в получении доступного и качественного дошкольного, начального общего, основного общего, среднего (полного) общего образования и профессионального образования;

- обеспечение социально-правовой защиты обучающихся и воспитанников, профилактика безнадзорности и правонарушений среди несовершеннолетних;

- сохранение и укрепление здоровья обучающихся и воспитанников;

- развитие системы выявления, поддержки и сопровождения одаренных детей и талантливой молодежи; усиление воспитательного потенциала образовательных учреждений;

- обеспечение образовательного комплекса республики высококвалифицированными педагогическими кадрами, развитие педагогического потенциала;

- удовлетворение потребности регионального рынка труда в высококвалифицированных кадрах рабочих и специалистов;

- создание безопасных условий образовательной деятельности;

- повышение экономической эффективности образования.